[ad_1]

برای نظارت بر تغییرات ویروس کرونا که می تواند باعث شیوع یک بیماری همه گیر شود و یا واکسن ها را کم اثر کند ، دانشمندان باید کد ژنتیکی آن را مرتب کنند تا جهش های بالقوه خطرناک را در صورت وقوع فهرست بندی کنند.

اما تعداد کمی از کشورها نظارت را انجام می دهند و به اشتراک می گذارند که کارشناسان به اندازه نگران جهش هایی که نمی توانند ببینند نگران هستند.

انتشار اولین توالی ژنومی SARS-CoV-2 در ژانویه سال گذشته ، در ابتدای شیوع همه گیری ، به دانشمندان اجازه داد آن را به عنوان ویروس کرونا شناسایی کنند و آزمایشات و واکسن های تشخیصی را شروع کنند.

از آن زمان ، ده ها هزار دنباله در پایگاه های داده عمومی بارگذاری شده اند ، و به این ترتیب امکان جهش ها با درجه ای از جزئیات و سرعتی که قبلاً بدست نیامده است ، ردیابی شود.

اما سهم شیر از این اطلاعات فقط از یک کشور می آید: انگلیس.

از اواسط ژانویه ، GISAID ، اصلی ترین پلت فرم اشتراک داده ها که در اصل برای نظارت بر آنفلوانزا راه اندازی شده بود ، 379،000 توالی دریافت کرده است.

از این تعداد ، 166000 نفر مربوط به British Covid-19 Genomics UK (COG-UK) است ، مشارکت بین مقامات بهداشتی و م .سسات دانشگاهی.

ایوان هریسون ، مدیر استراتژی و تحول در COG-UK و عضو م Instituteسسه Wellcome Sanger ، که قسمت عمده ای از تعیین توالی در آن انجام می شود ، گفت: “این اولین بار است که شاهد رشد عوامل بیماریزا در این مقیاس هستیم.”

“ما یاد می گیریم که این جهش ها سریعتر از آنچه فکر می کردیم جمع می شوند.”

این برنامه در حال حاضر توالی 10،000 ژنوم در هفته را می سازد – تقریباً شش درصد موارد شناخته شده در انگلیس ، اگرچه این متفاوت است – و برنامه دو برابر شدن آن است.

اما هاچرافت ، متخصص اپیدمیولوژی در دانشگاه برن و توسعه دهنده پروژه ردیابی ویروس Nextstrain ، گفت: “انگلستان همه افراد را از آب خارج می کند.”

“برای من ، لحظه همه گیری همراه با واکسن ها بود.”

به گفته وی ، دانمارک همچنین داده ها را مرتب مرتب و به اشتراک می گذارد ، اما اطلاعاتی که از اکثر کشورهای دیگر می آید در بهترین حالت پراکنده است.

این توالی انواع مختلفی را شناسایی می کند – سویه هایی که به چند گروه جهش جدید دست یافته اند – در انگلیس ، آفریقای جنوبی و برزیل در هفته های اخیر.

هریسون گفت ، گزینه جدید و سریع در انگلیس “مانند یک همه گیری کوچک در همه گیر است.”

وی افزود ، اما بدون نظارت سیستماتیک ، دانشمندان هنوز نمی توانند درک کنند که این یک “بازی برای تغییر” است.

هشدار اولیه مانع از گسترش گزینه نشد – در ده ها کشور یافت شد. اما این به سایر ملت ها اجازه می داد تا آماده شوند.

هودکروفت گفت ، بدون اخطار دانشمندان انگلیسی ، جهان احتمالاً کور پرواز خواهد کرد.

وی به خبرگزاری فرانسه گفت: “اگر در كشور دیگری در حال گسترش بود ، ما فقط بررسی می كردیم كه این كشور كدام كشور است.”

سایر گزینه ها فقط زمانی قابل مشاهده هستند که از محل مبدا در سطح بین المللی توزیع شوند.

در اوایل این ماه ، به عنوان مثال ، یک سویه جدید حامل جهش معروف به E484K ، که محققان می ترسند بتواند از مصونیت فرار کند ، در ژاپن در افرادی که از برزیل وارد می شوند شناسایی شد.

– “چشم و گوش” –

سازمان بهداشت جهانی گفته است که ظرفیت توالی بهتر یک اولویت جهانی است.

ماریا ون کرچوو ، مدیر فنی WHO برای Covid-19 ، اخیراً تعداد دنباله های به اشتراک گذاشته شده را تاکنون “قابل توجه” توصیف کرده است ، اما گفت که آنها فقط از چند کشور آمده اند.

وی در یک مجمع آنلاین گفت: “بهبود دامنه جغرافیایی تعیین توالی برای داشتن چشم و گوش برای تغییرات ویروس بسیار مهم است.”

دستورالعمل های جدید WHO می گویند “انقلابی” در تحقیقات ژنومی در مورد ویروس به درک بهتر همه چیز از ابولا تا آنفولانزا کمک کرده است.

و اکنون می گوید ، “برای اولین بار ، توالی ژنومی می تواند کمک کند تا پاسخ بهداشت عمومی به یک بیماری همه گیر در زمان واقعی نزدیک شود.”

هنگامی که ویروس کرونا دیگر ، SARS ، در سال 2002 شروع به انتشار کرد ، فقط سه نوع از ژنوم در ماه اول و 31 در ماه سه به طور عمومی به اشتراک گذاشته شد.

چند بار پس از ظهور ویروس ، این بار شش ژنوم در دسترس محققان سراسر جهان قرار گرفت. 60،000 نسخه در مدت شش ماه منتشر شد.

در ابتدا ، ویروس کرونا ویروس جدید تنوع ژنتیکی زیادی نشان نداد ، Hodcroft گفت ، گرچه “در سراسر اروپا منفجر شد ، عمدتا به دلیل سفرهای گسترده.

اما عدم جهش به خودی خود شاهد مهمی بود.

وی به خبرگزاری فرانسه گفت: “ما توانستیم ببینیم که این واقعاً از چین آمده است ، زیرا تمام سکانس های دیگر که در سراسر جهان کشف شده اند در تنوع سکانس های چینی جای گرفته اند.”

در تابستان سال 2020 ، گونه های جدیدی بوجود آمدند و تجسم های اولیه ویروس را جابجا کردند.

– جهش های در حال ظهور –

جهش در تکامل ویروسی انتظار می رود و هنگامی رخ می دهد که پاتوژن کسی را آلوده کرده و شروع به تولید مثل کند.

بیشتر این گونه های جدید مزیتی برای ویروس ایجاد نمی کنند و حتی برخی از آنها مضر هستند. اما هر از گاهی جهش باعث افزایش عفونت می شود یا بیماری شدیدتری ایجاد می کند.

SARS-CoV-2 تغییرات را کندتر از برخی ویروس های دیگر مانند HIV یا آنفلوانزا تشخیص می دهد. اما هرچه تعداد ویروس به افراد آلوده شود احتمال جهش بیشتر خواهد بود.

این حتی در کسی که به یک بیماری مزمن مبتلا است ، بیشتر است – قرار گرفتن طولانی مدت در معرض ضعف سیستم ایمنی به ویروس زمان بیشتری برای جمع شدن جهش های متعدد می دهد.

هریسون گفت این ممکن است راهی باشد که نسخه جدید در انگلستان پدیدار شده است ، و محققان اکنون آزمایشات بیماران مبتلا به نقص ایمنی و همچنین افرادی که واکسن آنها ناموفق بوده را تعیین توالی می کنند.

– “دید جدید” –

توالی سیستماتیک در سراسر کشور ایده جدیدی از انتقال ویروسی به محققان داده است.

در یک مورد ، این کمک کرد یک وانت به عنوان مقصر شیوع بیمارستان شناسایی شود.

در مقیاس بزرگتر ، تجزیه و تحلیل دهها هزار توالی SARS-CoV-2 که این ماه در ساینس منتشر شد ، نشان داد كه وفور مسافرت و واردات ویروس به انگلیس در ابتدای اپیدمی ، بیش از هزار خط انتقال را كاشته است.

گام بعدی آزمایش چگونگی تأثیر جهش های مختلف بر انتقال ، شدت بیماری و اثر بخشی واکسن و پیش بینی هرچه سریعتر نحوه رفتار نوع جدید است.

WHO گفت توالی جهانی به “درک بهتر دنیای پاتوژن های نوظهور و تعاملات آنها با انسان و حیوانات در مناطق مختلف آب و هوایی ، اکوسیستم ها ، فرهنگ ها ، سبک زندگی و زیست” کمک می کند.

“این دانش چشم انداز جدیدی از جهان را تشکیل می دهد و پارادایم های جدیدی را در پیشگیری و کنترل بیماری های همه گیر و همه گیر باز می کند.”

اما توالی در یک مقیاس از نظر منطقی پیچیده است.

هریسون گفت: “هفته هایی وجود داشت که اوضاع به نتیجه نرسید زیرا شما از ابتدا و در وسط یک بیماری همه گیر سیستم می ساختید.”

موسسه Sanger ده ها هزار نمونه ای را که هر روز دریافت می کند در فریزرهای بزرگ برای حمل کانتینرها ذخیره می کند و برای کمک به مرتب سازی آنها مجبور به ایجاد زیرساخت رباتیک شد.

هریسون گفت ، نگرانی های حقوقی به این معنی بود که COG-UK تصمیم گرفت حداقل اطلاعات توالی را برای عمومی کردن به اشتراک بگذارد. این مسئله برای سایر کشورها ، به ویژه کشورهایی که به مالکان خصوصی خدمات بهداشتی برای حفظ مالکیت داده ها اعتماد می کنند ، مانعی بوده است.

هزینه ها نیز در بسیاری از نقاط جهان یک چالش است ، اما هود کرافت گفت کشورهای ثروتمندتر مانند ایالات متحده و کشورهای اروپایی هیچ بهانه ای ندارند.

وی گفت: “هیچ دلیلی وجود ندارد که ما پاسخ های هماهنگ به سکانس نداشته باشیم ، به جز … که ما تصمیم به انجام آن نداریم.”

کیلومتر / ساعت / هار

[ad_2]

منبع: moshtagh-khabar.ir